Assassin's Creed franchising on aina kertonut tarinansa Assassin Orderin näkökulmasta. Kun temppeliritarikunta puolustaa rauhaa vapaan tahdon poistamisen kautta, on aina ollut selvää, kuka on oikeassa. Yksi nimike on kuitenkin esitteli näkökulmaa temppeliritarin - ja kuinka yksi pukeutumistakki melkein tuhosi Assassinsin siirtomaa-veljeskunnan.
Assassin's Creed Rogue esitteli nuoren salamurhaajan nimeltä Shay Patrick Cormac, joka oli American Brotherhoodin jäsen juuri ennen seitsemän vuoden sotaa. Hänelle ja hänen ystävälleen Liam O'Brienille annettiin tehtäväksi metsästää esineitä, jotka ritarikunnan mielestä oli sidottu Edenin paloihin. Ne olivat olemassa kauan ennen uskontunnuksen syntymää ja niillä oli niin suuri voima, että jos temppeliläiset saisivat yhden niistä hallinnan, he voisivat orjuuttaa koko ihmiskunnan.
Pari pystyi löytämään yhden esineistön muinaisesta temppelistä Lissabonin alapuolelta. Kuitenkin Shay otti sen laukaisi maanjäristyksen, joka tappoi ja tuhosi tuhansia. Tämä kokemus sai hänet uskomaan, että salamurhaajat eivät välitä viattomista, pitävät heitä nyt päinvastoin kuin sankarit, joiden hän luuli olevansa. Shay käänsi selkänsä ritarikunnalle vaarantamalla henkensä, kun osakkuusyritykset metsästivät häntä. Lopulta hän löysi tiensä Temppeliritarin siirtomaa-rituaaliin, ja sieltä hän asetti Assassinin vannotun vihollisen puolelle ja vannoi pitävänsä vanhoja kumppaneitaan löytämästä toista temppeliä.
Seitsemävuotisen sodan aikana Shay metsästää vanhat salamurhaajakumppaninsa temppelien suurmestarin Haytham Kenwayn kanssa. Haytham oli merirosvomurhaaja Edward Kenwayn poika, mutta hänet kasvatettiin seuraamaan temppeleitä. Vuosien varrella Haytham ja Shay saivat vahvan pohjan siirtomaissa ja voittivat temppelien seitsemän vuoden sodan. Hän myös eliminoi jotkut siirtomaaveljeskunnan voimakkaimmista jäsenistä.
Huipentuma Assassin's Creed Rogue näki Shayn tappavan vanhan ystävänsä Liamin ja Haythamin ja lamauttavan heidän johtajansa Achilles Davenportin. Seitsemän vuoden ajan salamurhaajat olivat järjestäytyneitä ja ilman johtajuutta, kun Shay ja Templars hallitsivat siirtokuntia varjoista. Vasta seitsemän vuotta ennen kuin Haythamin poika Connor saapuu ja jatkaa siellä, missä Achilles lopetti, poistamalla Templar-uhka Amerikassa ja auttamalla maan voittoa Ison-Britannian kruunua vastaan historian tärkeimmissä konflikteissa, Yhdysvaltain vallankumouksessa.
Cormac jatkoi työskentelyä temppeliritarin kanssa metsästämällä muinaisia esineitä, jotka auttoivat heitä saamaan edun Assassineja vastaan. Kun Connor jatkoi siirtomaiden vapauttamista, Shay oli Pariisissa, jonka tehtävänä oli tappaa salamurhaaja, jolla oli pyhä laatikko, joka pystyi avaamaan muinaiset salaisuudet ja joka oli olemassa jo Kiinan salamurhaaja Shao Jun. Hänen tappamansa salamurhaaja oli Arno Dorianin isä, salamurhaaja, joka auttoi vapauttamaan Pariisin vuonna Assassin's Creed Unity . Vaikka Shay Cormac ei tuhonnut amerikkalaista Assassins-veljeyttä kokonaan, hän näytti kuinka nopeasti he voisivat hajota, kun toinen heistä vaihtaa puolta.
