VAROITUS: Seuraava artikkeli sisältää Päivät menneet .
Noin 40 tunnin pelattavuuden jälkeen, kun päätarina on valmis, monet pelaajat asettavat ohjaimensa syrjään ja lähtevät Päivät menneet lopullisesti . Muu käynnistää kokonaan uuden tallennustiedoston. Ne, jotka jatkavat pelaamista krediittirullan jälkeen, palkitaan kuitenkin salaisella päättymisellä, jolla on valtavat seuraukset.
Kun viimeinen tehtävä on ohi ja Wizard Island tuhoutuu, pelin avoimen maailman kartta on edelleen käytettävissä vaeltaa. Sieltä pelaajat voivat suorittaa kaikki jäljellä olevat sivutavoitteet, kuten Freaker Hordes tai NERO-tutkimuskohteet. Jonkin ajan kuluttua pelaaja saa radioviestin NERO-tutkijalta James O'Brianilta, joka pyytää pelaajaa tapaamaan hänet.
Kun päähenkilö diakoni St.John tapaa O'Brianin vanhalla hautausmaalla, asiat saavat kiusaa. Prologissa pelaaja tapaa O'Brianin, jolla on yllään täysrunkoinen hazmat-puku ja läpinäkyvällä näytöllä varustettu kypärä. Täällä hänen kasvonsa näkyvät. O'Brianin naamio on kuitenkin sävytetty koko loppupelin ajan, joten Deek ei näe kasvojaan.
Syy tähän paljastuu vain salaisen lopun leikkauskohtauksessa: O'Brian on saanut tartunnan. Lopulta hän ottaa naamionsa paljastaakseen kammottavan, verisuonisen kuvan, joka saa Deaconin taaksepäin. O'Brian selittää, että Freakersin luonut virus kehittyy nopeasti, ja se on nyt vaiheessa, jossa se voi tunkeutua tartunnan saaneiden ihmisten imukudosjärjestelmään (joka auttaa suojaamaan kehoa sairauksilta ja infektioilta). Hän paljastaa myös, että NERO: n ylemmät yritykset ovat tienneet tästä jo jonkin aikaa, ja varoittaa Deaconia siitä, että he ovat tulossa. O'Brian lähtee hyppäämällä ilmassa olevaan helikopteriin epäinhimillisellä voimalla ja ketteryydellä.
Tämä kohtaus kertoo, että tämä uusi viruskanta luo aivan uudenlaisen Freakerin muodon, joka ylläpitää ihmisen kognitiivisia toimintoja, mutta jolla on voimia, nopeutta ja aggressiivisuutta, jonka Deacon taistelee koko ajan. Päivät menneet . Itse asiassa tämän kohtauksen useissa kohdissa O'Brianin ruumis tekee näennäisesti tahattomia nykäyksiä, ja hän jopa ottaa useita askelia kohti Deekiä ennen anteeksipyyntöä. Vaikka sitä ei ole koskaan nimenomaisesti sanottu, näyttää siltä, että O'Brian vastustaa viruksen aiheuttamaa biologista hyökkäyskykyä.
Tämän kohtauksen tarkoituksena oli selvästi jättää ovi auki a Päivät menneet jatko, jotain, joka näyttää nyt siltä, ettei sitä koskaan tapahdu. Sen sijaan, että Deek ratsastaisi auringonlaskuun Sarahin kanssa, tämä kierre viimeisteli pelin tummemmalla, uhkaavammalla nuotilla. Uusi Freakerin muoto, joka otettiin käyttöön O'Brianin kautta, olisi tehnyt valtavan vihollisen toisessa pelissä, mikä olisi varmasti seurannut Deaconin pyrkimyksiä paljastaa totuus NERO: n linkistä virukseen.
On syytä huomata, että vaikka NERO on näkyvästi mukana Päivät menneet Deacon ei koskaan taistele heitä vastaan. Tehtävissä, joissa he esiintyvät, Deek voi hiipiä vain sotilaiden ja tutkijoiden ympärille, koska pelin perusteella on selvää, että heidän puvut ovat liian väkeviä, jotta hän voi leikata tai ampua läpi. Jatko olisi todennäköisesti tehnyt NERO: sta pääantagonistin, Deaconin ja yrityksen joutuessa kohtaamaan heidät vastakkain. Kuitenkin nykytilanteessa tämä on tarina, joka jää sanomattomaksi.
