Tasavallan viimeisten päivien aikana Tähtien sota universumille tehtiin valtava isku Voiman valopuolelle. Yhdessä nopeassa käskyssä keisari Palpatine aktivoi käskyn 66. Protokolla istutettiin sirun kautta jokaiseen klooniarmeijan sotilaan joukkoon ja aktivoituaan sen pakotti sotilaat teloittamaan kaikki lähellä olevat jedit. Suuri jedipuhdistus levitti valtavan määrän jedejä ja lopetti kuolemillaan kaikki tehtävät ja mysteerit, jotka olivat vielä kesken.
Kaikista tuona kohtalokkaana päivänä kaatuneista jedeistä kukaan ei vaikuttanut yhtä julmalta kuin Aayla Securan kuolema Felucian vilkkaalla planeetalla. Tähtien sota: Jakso III: Sithien kosto osoittaa, että kloonipataljoonansa ampui nuoren Twi'lekin. Valitettavasti, kun hän putosi, lintu häiritsi häntä eikä pystynyt reagoimaan. Laukaus viipyy kuitenkin vielä muutaman sekunnin ja näyttää kloonit, jotka jatkavat tulta hänen inertissä ruumiissaan. Hänen kauheasta kuolemastaan on syntynyt monia kysymyksiä, kun fanit yrittävät selvittää, miksi kloonit näyttivät niin kylmäveriseltä häntä kohtaan.
Aivan kuten mestari Quinlan Vos, Secura päätti kävellä omaa polkua noudattaen jediritaria. Tämä kävi ilmi hänen vaatevalinnastaan ja tavasta, jolla hän käytti valomiekkaa taaksepäin. Secura välitti syvästi herraansa, joka oli ainutlaatuisen voimakas Voimassa. Monet teoreetikot uskovat, että hän oli myös erittäin voimakas Voimassa. Jos näin oli, syynä siihen, että kloonit tappoivat hänet, saattoi olla se, että hän ei noussut aiheuttamaan massiivista vahinkoa kyvyillään.
Suurin osa Securan seikkailuista ei osoita hänen käyttävän valtavaa voimaa voimassa kloonisotien aikana. Silti on täysin mahdollista, että hänen kykynsä eivät olleet vielä ilmenneet täysin. Vaihtoehtoisesti hänen voimansa olisi voitu kanavoida taistelukykynsä kautta, joka hyödynsi valosapelitaistelumuotoja IV ja V ja sisälsi runsaasti akrobatiaa ja loukkaavia liikkeitä suurella nopeudella.
Toinen esitetty teoria sidottiin voimakkaasti Securan suhteisiin kloonipataljoonaansa. Johtuen monista vuosista, jonka jedit viettivät kloonisotilaidensa kanssa, kahden ryhmän välille syntyi monia siteitä. Joitakin parhaita esimerkkejä ovat kapteeni Rex ja Ahsoka Tano tai komentaja Cody ja Obi-Wan Kenobi. Tämän logiikan mukaan kloonit ovat saattaneet ampua jatkuvasti Securaa, koska he muistivat hänelle jakamansa historian ja halusivat varmistaa, että hänen kuolemansa oli nopea ja kivuton. Jos se on totta, se tekisi heidän viimeisen tekonsa kloonisotilaisina yhdestä puhdistuksen armollisimmasta.
Aayla Secura oli yksi myötätuntoisimmista jedeistä järjestyksessä. Tästä johtuen hänen väkivaltaista loppua on pidetty yhtenä suurimman jedipuhdistuksen julmimmista. Securan kuolema edustaa myös nopeaa ja kirurgista tuhoa, jonka keisari oli pyrkinyt saavuttamaan. Jedien ja jopa Anakin Skywalkerin tappaminen vaatii paljon Phantom Menace ei usko, että oli mahdollista voittaa ne kaikki. Keisari kuitenkin osoitti olevansa väärässä pyyhkimällä melkein kaikki heistä yhdellä iskulla.
Lähes jokaisen jedin kuolema tuli nopeasti ja väkivaltaisesti. Tapahtuman aikana eräät viimeisistä tunteista, jotka elossa olleet Force-käyttäjät kokivat, olivat pettämistä ja tuskaa. Jopa Securan kuolema pääsi Yodaan, joka oli tuolloin aivan eri planeetalla. Tarkka syy, miksi kloonit ampuivat niin monta kertaa Securaan, on edelleen mysteeri. Siitä huolimatta tämä mysteeri on antanut fanien kokoontua jälleen kerran spekuloida monista muista mysteereistä Tähtien sota -universumissa.
